并没有什么好果子吃，由于在此之前，袁崇焕对于官场之中风行的崇拜魏忠贤之风毫不在意，因此在魏大太监的心里早就挂了号。此次宁锦大捷，袁和辽东守将出尽了风头，魏忠贤自然心生妒意。此时面对朝中的变化，有着多年文官生涯的袁崇焕心里也非常清楚，明白自己必须和朝中的权臣保持相对平稳的关系。在这种情况下，他不得不在一定程度上选择了妥协，加入了为魏忠贤歌功颂德的行列，不能免俗地给九千岁修建了生祠，而这也成了他为官历史上唯一一个所谓的污点。

然而令人惋惜的是，袁崇焕虽然在一定程度上选择了妥协的态度，却依然不能获得魏忠贤的谅解，反而借口他不救锦州，唆使党羽接连上疏弹劾。最后袁不光什么功劳都没得到，反而被逼请辞。

天启七年七月，木匠皇帝下旨准袁崇焕辞去官职，以王之臣代为督师兼辽东巡抚，驻宁远。而更为可笑的是，在论功行赏的行列之中，很多魏忠贤的党羽什么力都没出却反而加官晋爵，受尽好处。这种结局不光是遗憾，甚至用贻笑大方来形容也不为过。